2008. gadā Japānā bija 87 valsts universitātes (国立大学, kokuritsu daigaku), 89 pašvaldību (reģionālās) universitātes un aptuveni 580 privātās universitātes. Valsts (nacionālajām) universitātēm Japānā parasti ir augsta reputācija pētniecībā un augstākajā izglītībā, un tām bieži vien ir grūtāks iestāšanās konkurss nekā daudzām privātajām vai pašvaldību augstskolām.
Lielu pārmaiņu punkts valsts universitāšu sistēmā bija 2004. gada reforma. Kopš 2004. gada katra valsts universitāte ir reorganizēta par īpašu juridisku personu — valsts universitāšu korporāciju (国立大学法人, kokuritsu daigaku hōjin). Tas nozīmē, ka universitātes ieguva lielāku saimniecisko un akadēmisko autonomiju, kļuva finansiāli neatkarīgākas un sāka darboties saskaņā ar saviem pārvaldības noteikumiem. Universitāšu darbinieki (fakultāšu mācībspēki un administrācijas personāls) vairs netiek automātiski uzskatīti par valsts (nacionālajiem) ierēdņiem (国家公務員, kokka kōmuin), un tiesiskais statuss attiecīgi mainīja valsts un universitāšu lomu savstarpējās attiecībās. Tomēr valdība joprojām sniedz nozīmīgu finansējumu, uzrauga kvalitātes nodrošināšanu un īsteno politiku, kas ietekmē nacionālo universitāšu darbību.
Valsts universitātes Japānā ir dažādas pēc lieluma un specializācijas — ir plašas daudznozaru universitātes ar spēcīgām pētniecības programmām, kā arī speciālas institūcijas (piem., tehnoloģiju institūti, lauksaimniecības vai medicīnas universitātes). Vairākas valsts universitātes ir arī starptautiski atzītas un saista ārvalstu studentus un pētniekus.
Šis ir pilnīgs Japānas valsts universitāšu saraksts (stāvoklis ap 2008. gadu):
- Aiči Izglītības universitāte
- Akita Universitāte
- Asahikawa Medicīnas universitāte
- Chiba Universitāte
- Ehime Universitāte
- Fukuokas Izglītības universitāte
- Fukušimas Universitāte
- Gifu Universitāte
- Augsto studiju absolventu universitāte (The Graduate University for Advanced Studies, SOKENDAI)
- Gunma Universitāte
- Hamamatsu Universitātes Medicīnas skola
- Hirosaki Universitāte
- Hirosimas Universitāte
- Hitotsubashi University (bijusī Tokijas Tirdzniecības koledža)
- Hokaido Universitāte (bijusī Hokaido Imperatora universitāte)
- Hokaido Izglītības universitāte
- Hjogo Skolotāju izglītības universitāte
- Ibaraki Universitāte
- Iwate Universitāte
- Japan Advanced Institute of Science and Technology (JAIST)
- Joetsu Izglītības universitāte
- Kagawa Universitāte
- Kagošimas Universitāte
- Kanazavas Universitāte
- Kitami Tehnoloģiju institūts
- Kobe Universitāte
- Kōči Universitāte
- Kumamoto Universitāte
- Kioto Tehnoloģiju institūts
- Kioto Universitāte (bijusī Kioto Imperatora universitāte)
- Kioto Izglītības universitāte
- Kyushu Tehnoloģiju institūts
- Kyushu Universitāte (bijusī Kyushu Imperatora universitāte)
- Mie Universitāte
- Mijagi Izglītības universitāte
- Muroran Tehnoloģiju institūts
- Nagaoka Tehnoloģiju universitāte
- Nagasaki Universitāte
- Nagojas Tehnoloģiju institūts
- Nagojas Universitāte (bijusī Nagojas Imperiālā universitāte)
- Nāras Zinātnes un tehnoloģijas institūts
- Nara Izglītības universitāte
- Nara Sieviešu universitāte
- Naruto Izglītības universitāte
- Valsts politikas studiju institūts
- Nacionālais fitnesa un sporta institūts (Kanoja)
- Niigatas Universitāte
- Obihiro Lauksaimniecības un Veterinārās medicīnas universitāte
- Ochanomizu Universitāte
- Oita Universitāte
- Okayama Universitāte
- Osaka Kyoiku (Izglītības) Universitāte
- Osakas Universitāte (bijusī Osakas Imperiālā universitāte)
- Otaru Tirdzniecības universitāte
- Saga Universitāte
- Saitama Universitāte
- Shiga Universitāte
- Shiga Medicīnas zinātņu universitāte
- Shimane Universitāte
- Shinshu Universitāte
- Shizuoka Universitāte
- Tohoku Universitāte (bijusī Tohoku Imperiālā universitāte)
- Tokijas Gakugei (Pedagoģijas) Universitāte
- Tokijas Tehnoloģiju institūts
- Tokijas Medicīnas un Zobārstniecības universitāte
- Tokijas Lauksaimniecības un Tehnoloģiju universitāte
- Tokijas Ārlietu studiju universitāte
- Tokijas Jūras zinātņu un tehnoloģiju universitāte
- Tokijas Nacionālā Tēlotājmākslas un Mūzikas universitāte
- Tottori Universitāte
- Toyohashi Tehnoloģiju universitāte
- Tsukuba Tehnoloģiju universitāte
- Universitāte Electro‑Communications
- Fukui Universitāte
- Mijazaki Universitāte
- Ryukyu Universitāte (University of the Ryukyus)
- Tokushima Universitāte
- Tokijas Universitāte (bijusī Tokijas Imperatora universitāte)
- Tojamas Universitāte (University of Toyama)
- Cukubas Universitāte (University of Tsukuba)
- Jamanasī Universitāte (University of Yamanashi)
- Utsunomiya Universitāte
- Wakayama Universitāte
- Jamagatas Universitāte
- Jamaguchi Universitāte
- Jokohamas Nacionālā universitāte
Japānas valdība ir atbalstījusi arī tādas institūcijas kā Atklātā (Atvērto) universitāte un Okinavas Zinātnes un tehnoloģiju institūtu, sniedzot tām finanšu atbalstu un politisku atbalstu. Tomēr šīs institūcijas neatbilst vienādam juridiskajam statusam kā tradicionālās valsts (kokuritsu) universitātes un tām var būt atšķirīgs pārvaldības un finansēšanas modelis.
Papildu piezīmes
- Daudzas valsts universitātes piedāvā kursus angļu valodā, pētniecības apmaiņas un sadarbību ar ārvalstu institūcijām — tas atvieglo starptautisko studentu un pētnieku piesaisti.
- Iestāšanās parasti notiek, izmantojot stingrus iestājpārbaudījumus un konkursus; bakalaura līmenī tradicionāli svarīga ir valsts eksāmenu sistēma (nyūgaku shiken).
- Ja nepieciešama precīza, aktuāla informācija par katru universitāti (piem., pašreizējais nosaukums, juridiskais statuss vai fakultāšu struktūra), ieteicams pārbaudīt attiecīgās universitātes oficiālo mājaslapu vai Ministrijas publiskotos datus, jo pēc reformas un dažādām apvienošanām laika gaitā var būt notikušas izmaiņas.