Jura departamentā ir 3 apriņķi. Francijas departamentos un arī citās valstīs tos iedala arrondissements, ko angļu valodā parasti pārtulko kā rajonus (dažos gadījumos kā boroughs). Apriņķa galvaspilsētu sauc par apakšprefektūru — tā ir administratīva pilsēta, kurā izvietota apakšprefekta pārvalde.

Ja departamenta prefektūra (galvaspilsēta) atrodas kādā no apriņķiem, šī prefektūra ir arī attiecīgā apriņķa galvaspilsēta un vienlaikus pilda prefektūras un apakšprefektūras funkcijas. Prefekts un apakšprefekti pārstāv valsts izpildvaru vietējā līmenī — koordinē valsts dienestus, rūpējas par sabiedrisko kārtību, izsniedz atļaujas un īsteno valsts politikas pasākumus reģionā.

Apgabali tiek tālāk iedalīti kantonos un komūnās. Kantoni kalpo kā vēlēšanu un administratīvie reģioni departamenta līmenī, bet komūnas ir pašvaldību pamatvienības, kuras īsteno vietējo pārvaldību un sniedz iedzīvotājiem ikdienas pakalpojumus.

Jura departamenta apriņķi ir šādi:

  • Lons-le-Saunier — departamenta prefektūra un administratīvais centrs. Atrodas reģiona sirdī; šeit izvietota galvenā prefektūras pārvalde, un pilsēta kalpo kā ekonomikas, kultūras un administrācijas centrs departamentā.
  • Dole — apakšprefektūra ziemeļu daļā. Dole ir vēsturiska pilsēta (tā ir Luija Pastēra dzimtā pilsēta) ar nozīmīgu rūpniecības un pakalpojumu attīstību; tā pārvalda apkārtējos lauku un mazpilsētu reģionus.
  • Saint-Claude — apakšprefektūra dienvidu, kalnainajā daļā (Haut-Jura). Reģions ir pazīstams ar amatniecību (piem., pīpju un rotaslietu izgatavošanu), mežsaimniecību un tūrisma aktivitātēm, tai skaitā ziemas sporta iespējām.

Administratīvā struktūra nodrošina valsts un vietējo pašvaldību sadarbību: departaments kā starpleģislative vienība koordinē pakalpojumus un infrastruktūru, apriņķi (arrondissements) pārstāv valsts izpildvaru teritoriāli, bet kantoni un komūnas fokusējas uz vietējo politiku un iedzīvotāju vajadzībām. Jura departamentā, kā citos Francijas departamentos, šī hierarhija ļauj efektīvāk organizēt pārvaldi gan lauku, gan pilsētu teritorijās.

Vispārīgi statistikas dati par kantonu un komūnu skaitu var mainīties administratīvo reformu rezultātā (piem., 2015. gada kantonu reorganizācija). Jura departamentā ir vairāki desmiti kantonu un apmēram 500 komūnu, tomēr precīzu skaitu ieteicams pārbaudīt jaunākajos oficiālajos avotos, ja nepieciešami aktuāli dati.