Horizontāla (sānu) gēnu pārnese (HGT) — definīcija, veidi un nozīme

Uzzini par horizontālo (sānu) gēnu pārnesi (HGT): definīciju, pārneses veidus un bioloģisko nozīmi — no mikroorganismiem līdz gēnu inženierijai.

Horizontāla gēnu pārnese (HGT) (vai sānu gēnu pārnese) ir process, kurā organisms iegūst ģenētisko materiālu no cita organisma, nebūdams tā pēcnācējs.

Turpretī vertikālā pārnese notiek tad, kad organisms saņem ģenētisko materiālu no sava priekšteča, piemēram, vecāka vai sugas, no kuras tas ir attīstījies.

Lielākā uzmanība ģenētikā ir pievērsta vertikālajai pārnesei, taču arvien vairāk cilvēku apzinās, ka horizontālā gēnu pārnese ir nozīmīga parādība. Vienšūnu organismu vidū tā varētu būt dominējošais ģenētiskās pārneses veids. Mākslīga horizontāla gēnu pārnese ir gēnu inženierijas veids.

Veidi un mehānismi

Horizontālo gēnu pārnesi realizē vairāki mehānismi. Galvenie no tiem ir:

• Transformācija — brīva DNS uzņemšana no vides. Dažas baktērijas spēj absorbēt un inkorporēt apkārt esošu DNS, ja tā nav sabojāta un ja to var izteikt šajā saimniekā.
• Konjugācija — tieša gēnu pārnese starp šūnām, bieži izmantojot plazmīdas vai konjugāciju veicinošas struktūras (piem., pili). Tas ir viens no galvenajiem veidiem, kā izplatās antibakteriāla rezistence.
• Transdukcija — vīrusi (parasti bakteriofāgi) nejauši pārnes gēnu fragmentus no vienas šūnas uz citu, iesaiņojot saimnieka DNS daļas savā kapsīdā.
• Transpozoni un mobilie elementi — transposoni, integroni un citi mobili elementi var pārvietoties genomā un pārvietot sev līdzi rezistences vai citas funkcijas kodējošus gēnus.
• Membrānas vezikulas un sekrēcijas mehānismi — daži mikroorganismi izdala eksosomas vai mikropūsliņas, kas satur DNS vai RNS, kas var tikt uzņemtas citās šūnās.
• Endosimbioze un hibridizācija — ilgstoša starpsugu mijiedarbība (piem., endosimbioze, kad viens organisms dzīvo otrā iekšienē) var novest pie gēnu pārvietošanās uz saimnieka genomu.

Mobilie ģenētiskie elementi un vektori

HGT bieži notiek, izmantojot elementus, kas nodrošina gēnu kustību:

• Plazmīdas — nelieli, parasti apļa formas DNS molekulas, kas replikējas neatkarīgi no hromosomas un bieži nes rezistences vai metaboliskas funkcijas.
• Integroni — DNS struktūras, kas spēj iekļaut un izteikt dažādus gēnu "kasetes".
• Transpozoni — "lekt" spējīgi elementi, kas var pārvietot gēnus uz dažādām genomiskajām vietām.
• Bakteriofāgi — vīrusi, kas inficē baktērijas, var veicināt transdukciju un starpsugu gēnu pārvietošanos.

Piemēri un nozīmīgi rezultāti

Horizontālā gēnu pārnese ir atbildīga par daudziem svarīgiem bioloģiskiem novērojumiem:

• Antibakteriālā rezistence — HGT ir galvenais mehānisms, kā rezistences gēni izplatās starp baktērijām (piem., MRSA, ESBL producējošas baktērijas).
• Patogenitātes saliņas — baktērijas var iegūt pilnus gēnu kopumus, kas kodē toksīnus vai citas virulences īpašības.
• Metabolisma pielāgošanās — gēni, kas nodrošina spēju degradēt jaunus substrātus (piem., toksīnus vai sintētiskas vielas), var izplatīties ar HGT starp mikroorganismiem.
• Starpsugu gēnu pārvietošana — novērota arī starp baktērijām un eikariotiem (piem., sēnēm, augiem, dzīvniekiem). Ir dokumentēti piemēri, kur sīki eikarioti (piem., bdelloidie rotatori) ir iegūtuši ģenētisko materiālu no baktērijām vai augiem, kas sniedz adaptīvu labumu.
• Endosimbiontu loma — hloroplasta un mitohondriju pirmsākumi saistīti ar seno endosimbiozi, kas ir ilgstoša gēnu pārvietošana no symbionta uz saimnieka hromosomu.

Barjeras un ierobežojumi

Ne visas HGT mēģinājumi ir veiksmīgi. Ir vairāki bioloģiski un ekoloģiski ierobežojumi:

• DNS degradācija vides apstākļos vai saimnieka īpatnējas nukleāzes var iznīcināt uzņemto DNS.
• Saderība starp pārvietoto gēnu un saimnieka transkripcijas/ translācijas mehānismiem — gēnam jābūt pareizi regulētam un jāfunkcionē saimniekā.
• Imūnsistēmas un aizsardzības sistēmas — baktēriju restriction-modification sistēmas vai CRISPR-Cas var iznīcināt svešu DNS.
• Fitenesa izmaksas — ja jauniegūtais gēns samazina saimnieka dzīves spējas, tas nebūs saglabāts populācijā.
• Ekoloģiska tuvums — gēnu apmaiņa notiek biežāk, kad dažādi organismi dzīvo kopā vai mijiedarbojas tuvumā.

Metodes HGT pētīšanai

Zinātnieki izmanto dažādas pieejas, lai atklātu un izprastu HGT:

• Salīdzināmā genomika un filogenētiskā analīze — meklē atbilstības un neatbilstības gēnu koku un organismu koku starpā.
• Kompozicionālie rādītāji (GC saturs, kodonu lietojums) — ļauj identificēt genomiskus reģionus, kas atšķiras no saimnieka fona.
• Metagenomika — tieša vidiņās esošo ģenētisko materiālu sekvencēšana, kas atklāj mobilos elementus un to izplatību kopienās.
• Laboratorijas eksperimenti — kontrolētas transformācijas, konjugācijas un transdukcijas, kā arī monitorings in vivo modeļos.

Biotehnoloģijas, riski un ētika

Mākslīgā horizontālā gēnu pārnese ir pamatā daudziem biotehnoloģiju risinājumiem (piem., gēnu inženierija, rekombinantā olbaltumvielu ražošana). Tajā pašā laikā rodas diskusijas par riskiem:

• Vides izplatīšanās — ģenētiski modificētu gēnu pārvietošana uz savvaļas populācijām vai mikrobiomu var mainīt ekosistēmas.
• Antibakteriālās rezistences izplatīšanās — laboratorijās vai lauksaimniecībā izmantotās rezistences markeri var tikt nodoti patogēniem.
• Bios drošība — regulējumi, sterilizācijas un kontroles procedūras nepieciešamas, lai samazinātu nevēlamu HGT notikumu risku.

Kopsavilkums

Horizontālā gēnu pārnese ir būtisks un plaši izplatīts bioloģisks process, kas veicina mikroorganismu adaptāciju, evolūciju un bioloģisko daudzveidību. Tā ietekmē sabiedrības veselību (piem., rezistences izplatība), ekosistēmas funkcijas un biotehnoloģiju iespējas. Izpratne par mehānismiem, ierobežojumiem un iespējamiem riskiem ir svarīga gan pamatzinātnē, gan praktiķu darbā.

Jautājumi un atbildes

J: Kas ir horizontāla gēnu pārnese?

J: Ar ko horizontālā gēnu pārnese atšķiras no vertikālās pārneses?

J: Uz ko ir koncentrēta lielākā daļa ģenētikā izmantoto ideju?

J: Kāpēc horizontālā gēnu pārnese ir nozīmīga parādība?

J: Kas ir mākslīga horizontāla gēnu pārnese?

J: Vai horizontāla gēnu pārnese var notikt starp dažādu sugu organismiem?

Vai visos organismos notiek horizontāla gēnu pārnese?

Meklēt pēc burta