1862. gada 12.–15. septembrī notika kauja pie Harpers Ferry. Tā bija daļa no Amerikas pilsoņu kara Merilendas kampaņas. Kad ģenerāļa Roberta E. Lī (Robert E. Lee) konfederātu armija iebruka Merilendā, daļa viņa armijas — ģenerālmajora Tomasa Dž. Dž. (pazīstams kā "Stonewall") karaspēks ielenca, apšaudīja un sagrāba Savienības garnizonu Harpers Ferry, Virdžīnijā (tagad Rietumvirdžīnijā). Tā bija liela uzvara ar salīdzinoši nelielām izmaksām konfederātiem.
Jacksons veica ātru un koordinētu manevru no Vinnčesteras, ātri ieņemdams trīs apkārtējās augstienes — Maryland Heights, Loudoun Heights un Bolivar Heights — kas deva viņam artilērijas priekšrocību un pilnīgi izolēja garnizonu zemā pilsētas līmenī. No augstienēm novietotā artilērija varēja apšaudīt iekšā esošos Savienības spēkus un bloķēt jebkādas iespējas atkāpties vai saņemt palīdzību pa dzelzceļu un upēm.
Harpers Ferry garnizona komandieris bija pulkvedis Dixon S. Miles, kurš pēc kritikas par aizsardzības izvietojumu un lēmumiem guva brūces un vēlāk mira. Savienības spēki nodrošināja pretspēku, taču apstākļi un apkārtējo augstienu zaudēšana lika Milesam 15. septembrī padoties. Rezultātā tūkstoši Savienības karavīru nonāca konfederātu gūstā, kā arī tika paņemti lieli ieroču un provižu krājumi, kas īstermiņā pastiprināja Konfederātu spēkus šajā reģionā.
No stratēģiskā viedokļa uzvara pie Harpers Ferry gan deva Lī armijai materiālu labumu un morālu pacēlumu, gan bija divpusīga: daļa Konfederātu spēku tika novirzīti garnizona apsēšanai, kas īslaicīgi traucēja Lī spēju pilnībā koncentrēt savus spēkus pret Savienības armiju. Tikai divas dienas pēc Harpers Ferry kapitulācijas notika asiņainā Antietamas kauja, kura kļuva par Merilendas kampaņas izšķirošo pavērsienu.
Kopumā kauja pie Harpers Ferry tiek uzskatīta par veiksmīgu taktisks sasniegumu Konfederātiem — ātra kampaņas darbība, veiksmīga augstienu ieņemšana un kapitualcija nodrošināja ievērojamu skaitu gūstekņu un materiālu ar relatīvi zemām konfederātu upuriem. Taču šī uzvara arī ietekmēja tālāko operatīvo situāciju Merilendas kampaņā un galu galā bija viens no posmiem ceļā uz Antietamu.