2001.-2008. gada Bionicle sižetiskā loka darbība norisinājās zinātniskās fantāzijas pasaulē, ko apdzīvoja galvenokārt daļēji organiskas, daļēji mašīnu būtnes pazemes pasaulē, kas eksistē milzīgos kupolos zem zemes. Šo pasauli (sauktu par "Matoranu Visumu") un tās rases savulaik sargāja Lielais Gars vārdā Mata Nui, līdz ļaunais Makuta Teridax un Makuta brālība viņu iedzina mūžīgā miegā. Matoriešu pasaule sāka sabrukt. Taču Mata Nui iekšienē saglabātā dzīvības maska tika nosūtīta kosmosā, lai atrastu jaunu planētu. Maska piezemējās uz Bara Magna planētas, un tā izveidoja mazu ķermeni.
2009. gadā sākās pavisam jauna sižeta sāga, kas atstāja aiz muguras iepriekšējos gadus un pievērsās jaunām iespējām, kad Mata Nui pēc tam, kad Makuta Teridax viņu bija izsūtījis, avarēja uz noslēpumainas neauglīgas planētas, ko sauca par Bara Magna. Šeit viņš kļūst par stāsta centru un iegūst jaunus sabiedrotos, mēģinot atrast veidu, kā glābt Matoran un Toa no Makuta Teridax tirāniskās varas.
2001 - Masku meklējumi
Stāsts sākas ar sešiem Toa Mata: Tahu, Lewa, Gali, Kopaka, Pohatu un Onua ierodas uz salas, kas pazīstama kā Mata Nui sala, un neatceras neko citu kā vien savus vārdus. Viņi atklāja, ka iedzīvotāji, Matoran ciema iedzīvotāji, saskaras ar pastāvīgiem uzbrukumiem no inficētajiem Rahi, mežonīgiem zvēriem, kurus kontrolē Makuta Teridax spēcīgā ietekme, izmantojot inficēto Kanohi maskas, izraisot karu, kas ilga aptuveni 1000 gadus. Pēc daudzo Kanohi masku meklēšanas un atrašanas Toa katrs saņem zelta Kanohi masku ar milzīgu spēku un meklē pašu Makutu. Pēc cīņas ar nežēlīgajiem Manas krabjiem un Ēnu Toa (ļaunajiem dubultniekiem līdzīgām iluzorām Toa kopijām ) Toa stājas pretī Makutam un, apvienojot savas elementārās spējas, viņu sakauj.
2002 - Bohrok Swarms
Pēc viņa sakāves Makuta atbrīvoja seno Bohroku. Bohrok ir robotizēti droni, kas tika radīti, lai "attīrītu" Mata Nui salu līdz tās stāvoklim "pirms laika". Bohroki sāka pārņemt salas ciemus, piespiežot Matoran bēgt. Viens atjautīgs Zemes Matorans, Nuparu, uzbūvē jaudīgu transportlīdzekli, ko sauc par Boxor, kas izgatavots no bojāta Bohrok daļām, lai cīnītos pret kaujiniekiem. Toa, nezinot Bohrok mērķi, savāc Bohrok kranas (maskai līdzīgas būtnes, kas darbojas kā viņu smadzenes), lai stātos pretī Bohrok karalienēm Bahrag: Cahdok un Gahdok. Uzveiktie Cahdok un Gahdok tiek ieslodzīti cietumā, ko radījušas Toa stihiskās spējas. Pēc tam Toa Mata tiek pakļauti vielai, ko sauc par Enerģētisko Protodermisu, kas viņus pārveido, piešķirot viņiem jaunas bruņas un ieročus. Viņi pārdēvē sevi par Toa Nuva.
2003 - Bohrok-Kal streiks un Gaismas maska
Kad Cahdoks un Gahdoks ir sakauti, Bohrok Roji tiek apturēti un atgriežas savos stropos. Tomēr parādījās seši jauni elites Bohrok, ko sauca par Bohrok-Kal, ar mērķi atbrīvot Bahrag. Pēc tam viņi sāka zagt Toa Nuva spējas, kas ir atslēga zīmoga salaušanai. Nonākuši uz sakāves robežas, Toa piespieda Bohrok-Kal izmantot visas savas spējas, pārslogojot tos un sakāvuši.
Drīz pēc tam divi matorani Takua un Džallers atklāja Kanohi Gaismas masku. Viņiem tika dots uzdevums ceļot pa Mata Nui salu, lai atrastu Gaismas Toa. Tikmēr Makuta radīja un izsūtīja sešas būtnes Rahkshi, lai atrastu masku un apturētu Gaismas Toa ierašanos. Rahkshi pārlaidās pāri Mata Nui, izpostot Ta-Koro un Onu-Koro ciemus. Toa apturēja Rahkshi, bet ne pirms nogalināja Džalleru. Jallera nāve lika Takua saprast, ka viņš ir Gaismas Toa, un viņš uzvilka masku, lai kļūtu par Toa Takanuva. Takanuva devās stāties pretī Makutam, un viņu cīņas laikā abi iekrita enerģētiskā protodermā, sudrabainā vielā, kurai piemīt spēja mainīt vai iznīcināt būtni, un saplūda kopā būtnē Takanuva. Tad Takutanuva atvēra Metru Nui pilsētas durvis, ļaujot Matoran un Toa iziet cauri. Izmantojot daļu savas dzīvības enerģijas, viņš atdzīvināja Jalleru, kamēr joprojām turēja durvis atvērtas. Tomēr enerģijas patēriņš bija pārāk liels, un Takutanuva tika saspiests ar durvīm, šķiet, nogalinot gan Takanuvu, gan Teridaku, atstājot tikai Takanuvas Gaismas masku. Takanuva nekavējoties atdzima, kad viņa maska tika izmantota, lai aktivizētu bāku uz Metru Nui. Pēc tam Matoran gatavojās atgriezties Metru Nui salas pilsētā.
2004 - Metru Nui leģendas
Kad Matoran gatavojās ceļojumam uz Metru Nui, Turaga (ciema vecākie) atklāja, ka viņi reiz bijuši Toa, kas Metru Nui cīnījās pret tādiem draudiem kā Morbuzakh augu radījums un Dume kontrolētie Vahki spēka vienības. Viņi kā Matoran tika pārveidoti par Toa Metru, izmantojot Toa akmeņus, kuros bija Toa Lhikan upurēts spēks. Viņu uzdevums bija atrast sešus Lielos diskus un sakaut Morbuzakh - augu draudu, kas draudēja iznīcināt pilsētu. Tomēr, kad viņi to izdarīja, viņus nodeva Dume, pilsētas Turaga. Vēlāk viņi atklāja, ka Makuta Teridax ir pārģērbies par Dume un pārņēmis kontroli pār Vahki (tiesībaizsardzības robotiem). Viņa plāns bija iemidzināt Matoranus, izdzēst viņu atmiņas un atkal pamodināt viņus "kā viņu iekarotāju". Toa aizbēga, bet Teridax viņiem uzbruka. Apvienojot savas elementārās spējas, viņi spēja Teridaksu ieslēgt kristalizētas protodermas cietumā. Toa devās uz jaunu salu, kas vēlāk kļuva pazīstama kā Mata Nui, un apsolīja atgriezties, lai glābtu Matoran.
2005 - Ēnu tīkls
Tie atgriežas. Tomēr salā valda ļaunais karalis Sidoraks un viņa vietniece Roodaka, un uz salas ir ieradies ļauns zirnekļveidīgs radījums Visoraks. Toa drīz vien tika sagūstīti un mutēja par bestiālajiem Toa Hordika. Lai atgrieztos normālā stāvoklī, Toa meklēja leģendāro Rahi Keetongu. Tomēr Toa Vakama nodeva pārējos Toa un pievienojās Sidorakam, kurš viņu padarīja par Visorak vadoni. Pārējie Toa stājās pretī Visorak ordei lielā kaujā un pārliecināja Vakamu pievienoties viņiem. Tad Vakama pavēlēja Visorakiem būt brīviem. Pēc tam Keetongu nogalināja Sidoraku, kuru Roodaka un Vakama nodeva. Tad seši Toa sakāva Rodaka ar visiem sešiem saviem elementārajiem spēkiem. Tomēr tam bija blakus efekts - Makuta tika atbrīvots, jo Roodaka sev līdzi nesa viņa cietuma fragmentu. Šā iemesla dēļ Toa viņu notrieca. Pēc tam, kad Keetongu bija atveseļojies, Toa Metru aizveda Matoran uz jaunu salu. Kad viņi upurēja savu spēku, lai atmodinātu Matoran, viņi kļuva par Turaga un vēlāk šajā salā, ko sauca par Mata Nui, izveidoja jaunus ciemus.
2006 - Likteņa sala
Toa Nuva uzzināja, ka Mata Nui ne tikai guļ, bet arī mirst. Lai viņu glābtu, viņiem jādodas uz Voya Nui salu un jāmeklē noslēpumainā Kanohi Ignika, Dzīvības maska. Toa Nuva dodas šajā piedzīvojumā, taču ātri vien nonāk sešu jaunu un spēcīgu ienaidnieku - Piraku - gūstā: Zaktans, Hakans, Vezoks, Toks, Reidaks un Avaks. Viņi meklēja masku saviem tumšajiem nolūkiem. Kad Toa neatgriezās, sešu Matoranu grupa devās viņiem pakaļ. Džallers, Hahli, Hewkii, Nuparu, Kongu un Matoro aizbēga uz salu Toa kannās, bet, ceļojot, Sarkanās zvaigznes gaismas bultas pārvērta viņus par Toa Inika. Ierodoties viņi uzzina par Piraku un to, kā viņi paverdzināja vietējos Matoran, uzdodoties par viltus Toa, lai piespiestu Matoran uzcelt viņiem cietoksni. Ar nelielas matoriešu pretestības un senā aizbildņa Aksona palīdzību Toa Inika spēja atbrīvot Toa Nuva, atrast maskas templi un cīnīties ar Piraku, kā arī citām to sargājošām būtnēm. Galu galā viņi kopā ar Kanohi izcīnīja uzvaru. Taču Dzīvības maskai piemita sava griba, un pēdējā mirklī tā izvairījās no viņiem visiem, metoties jūras dzīlēs.
2007 - Tumsas jūra
Pēc pakaļdzīšanās pēc Dzīvības maskas Toa Inika nolaidās ūdenī pēc tam, kad no nezināma Matorana saņēma noslēpumainu pavedienu "glāb nogrimušo pilsētu", kurš bija izglābis Hahli no noslīkšanas par cenu tā, ka viņš nomira no dekompresijas slimības.[14] Enerģijas uzplūds no Dzīvības maskas pārveidoja Toa Inika par ūdeni elpojošām formām. Viņi atklāja apdzīvotu Mahri Nui ciematu, kas bija atdalījies no Voya Nui un nogrimis pirms tūkstoš gadiem. Ciematu apdraudēja senie karavadoņi, pazīstami kā Barraki, kurus bija mutējuši netālu esošie mutagēnie ūdeņi, ko sauca par "Bedri". Toa, tagad pazīstami kā Toa Mahri, cīnījās pret Barraki, lai izdzīvotu. Tomēr līdz brīdim, kad Toa atguva masku, Lielais gars nomira. Sapratis, ka vēl ir cerība, Toa Matoro steidzās uz Visuma kodolu un upurēja savu dzīvību, lai atdzīvinātu Mata Nui. Savas dzīves pēdējos mirkļos Toa Matoro izmantoja Maskas spēku, lai teleportētu Toa Mahri atpakaļ uz Metru Nui un ļautu viņiem atkal elpot gaisu. Lielā Gara dzīvība tika izglābta, taču viņš vēl bija jāaizmodina.
2008 - Pēdējā cīņa
Pēc tam, kad Artakha viņiem bija devis jaunas bruņas un ieročus, Toa Nuva ieradās Karda Nui, Visuma kodolā. Tur viņi saskārās ar Makutu, kas centās pārvērst Av-Matoran - Gaismas Matoran - iedzīvotājus par Ēnu Matoran. Toa Nuva palīdzēja ierasties Takanuva, kas tagad spēj kontrolēt Gaismu un Ēnu, pateicoties ēnu pīpju uzbrukumam, un Toa Ignika, kas ir pati Dzīvības maska. Kanohi Ignika bija izveidojusi sev ķermeni, jo vēlējās redzēt, kā tas ir būt dzīvai būtnei. Apvienojot spēkus, viņi nonāca līdz struktūrai Karda Nui centrā, ko sauca par Kodreksu, kur Toa Ignika bija jāupurē savs jaunais ķermenis, lai pamodinātu Mata Nui. Takanuva ar atlikušo nesabojāto Av-Matoran palīdzību atguva Ēnu Matoran iepriekšējo stāvokli. Drīz pēc tam Toa izglābās no kodola, pirms Mata Nui pamošanās izraisītā enerģijas vētra varēja tos iznīcināt. Tomēr Makutiem neizdevās izbēgt, un viņi visi tika nogalināti. Atgriežoties Metru Nui, Mata Nui atmoda tika svinēta, taču svinības tika pārtrauktas, kad atklājās, ka Teridakss ir pārņēmis Mata Nui ķermeni, kas atklājās kā Matoranu visums. Ieslodzījis Mata Nui garu Dzīvības maskā, viņš to aizsūtīja kosmosā, lai bijušais Lielais Gars nevarētu traucēt viņam kontrolēt Visumu.
2009 - Atdzimusi leģenda
Bionikas stāsts turpinās pēc tam, kad Makuta Teridax izdzina Mata Nui no viņa ķermeņa uz planētas Bara Magna. Izņemot dažas savvaļas dzīvnieku sugas, Bara Magna ir neauglīga tuksnešaina planēta, kas uztur tikai nedaudzus resursus, tāpēc katrai ciltij uz planētas ir daži karotāji, ko sauc par Glatoriešiem, lai cīnītos par tiem. Šie resursi, piemēram, pārtika un ūdens, tiek attiecīgi sadalīti. Šīs pasaules iedzīvotāji ir pazīstami kā Agori. Agori kopā veido sešas dažādas ciltis, no kurām katra ir saistīta ar kādu reģionu. Pēc tam, kad Dzīvības maska nolaižas uz Bara Magnas, tā izveido ķermeni, ko Mata Nui var izmantot. Tad Mata Nui apvienojas ar dažiem Glatorijas pārstāvjiem, lai sakautu apvienotos Skrall un Kaulu mednieku spēkus - divus galvenos draudus ciemiem, un meklē veidu, kā atgriezties savā ķermenī. Ar jauno glatoriešu un agori draugu palīdzību viņš atmasko nodevēju, kas pazīstams kā Metus, un sakauj Skrall un Kaulu medniekus. Viņš palīdz pasaules ciemiem apvienoties, paņemot visus milzu robotu gabalus un savienojot tos lielā robota prototipa ķermenī, ķermenī, līdzīgā tam, kurā dzīvo Matoranu Visums.
2010 - Ceļojuma beigas
Pēc Skrall uzvaras un pārējo ciematu apvienošanās Mata Nui stājas pretī izaicinājumam atņemt savu veco ķermeni no Teridaksas. Viņš uzzina, ka viņu ir radījušas Lielās būtnes uz planētas Spherus Magna, kas tagad ir sadalīta džungļu mēnesī (Bota Magna), okeāna mēnesī (Aqua Magna) un atlikušajā tuksnešainajā planētā (Bara Magna), kas radusies Kodolu kara rezultātā. Mata Nui arī uzzina, ka pirms viņa uzbūvēšanas pastāvēja iepriekšējais robots, kuru agori izmanto kā savu mājvietu. Agori no Tesaras vārdā Tarduks palīdz Mata Nui, parādot viņam seno enerģijas avotu, kas varētu darbināt veco robotu.
Šajā pēdējā ceļojumā divi varoņi atgriežas, lai pabeigtu cīņu: Tahu, kurš atgriezies savā sākotnējā veidolā, lai valkātu spēcīgās Zelta bruņas, un Takanuva. Viņiem palīdz Grešs. Viņi cīnās ar Skakdi karavadoni, Nektannu, lai sakautu Makutu un viņa armiju, ar karstuma vīziju bruņotu Rahkšu ordām un Skralliem.
Stāsts turpinās, kad gan Matoriešu Visuma, gan Glatorijas spēki saskaras ar Skakdi, Rahkši un Skrall uzbrukumu. Makutas sprādziena izkaisītās zelta bruņas no daudzajiem ienaidniekiem savāc Tahu, Grešs un Takanuva. Tahu sakauj Skakdi karavadoni Nektannu un pēc tam uzvelk bruņas, kas sadedzina katru Rahkshi Kraatu Bara Magnā.
Teridaks apgalvo, ka viņš iznīcinās Bara Magnu ar gravitācijas enerģiju, līdz Mata Nui spiež viņa roku uz augšu, liekot Teridaksam nosūtīt enerģijas vilni uz mēness virs zemes. Mata Nui iestumj Teridaksu atpakaļ vienā no uzbrūkošajiem mēness, zaļajā Bota Magnas mēnesī, kura trieciens iznīcina viņa kodola procesoru, kas nogalina Teridaksu. Tad Mata Nui apraud brāli, kas viņam varēja būt.
Fināls noslēdzas, kad Mata Nui izmanto savu spēku un Dzīvības maskas spēku, lai atkal saliedētu Spherus Magna, izārstētu tos, kurus bija izkropļojis bedru mutagēns, atgrieztu dzīvību uz planētas un atjaunotu iznīcinātās ģeogrāfiskās īpatnības. Spriedze izraisa viņa spēka kodola izkliedi, iznīcinot robota prototipu. Kad Glatorietis un Toa atklāj Igniku neskartu vietā, kur atradās Mata Nui, Mata Nui uzrunā viņus no Dzīvības maskas iekšpuses. Viņš viņiem saka, ka nākotne ir viņu pašu rokās un viņiem ir jāveido. Pēc tam viņš Ignikā paliek neaktīvs. Agori, Matoran, Toa, Glatorian un visi pārējie sāk jaunu dzīvi uz Spherus Magna.
Bionicle nākotne
Bionicle rotaļlietu līnija beidzās 2009. gada beigās, kad 2010. gada komplekti tika pabeigti izdošanai, un 2010. gada vasarā to aizstāja Hero Factory - Lego tēma, kas ir saderīga ar Bionicle komplektiem. Tomēr, neskatoties uz to, stāsts turpinās Grega Farshtey rakstītajos seriālos tiešsaistē vietnē BIONICLEstory.com.
