Pirmie gadi (2000-02)
2000. gadā Ivata kļuva par Nintendo korporatīvās plānošanas nodaļas vadītāju. Viņš tika iecelts arī direktoru padomē. Nākamo divu gadu laikā viņš vēlējās, lai spēļu izstrāde būtu lētāka un īsāka, vienlaikus nodrošinot, ka kvalitāte joprojām ir laba. Viņa pirmo divu gadu laikā Nintendo peļņa pieauga par 20 un 41%. To palīdzēja panākt Ivatas darbs. Kad 2002. gada 24. maijā Jamauči, uzņēmuma prezidents kopš 1949. gada, aizgāja pensijā, par Nintendo ceturto prezidentu kļuva Ivata. Viņš bija pirmais Nintendo prezidents, kurš nebija Yamauchi ģimenes loceklis asinsradinieks vai laulībā. Jamauči lūdza Ivatam vienu lietu: "lai Nintendo būtu jaunas idejas un tiktu radīta aparatūra, kas parāda šo ideālu. Un radīt programmatūru, kurai ir tāds pats standarts." Nintendo bija uzņēmums, kas vēlējās individuālismu, un Jamauči bija izveidojis politiku, kas paredzēja, ka nepieciešamības gadījumā tiks izveidotas jaunas attīstības pozīcijas. Tomēr tas kavēja labu sadarbību starp nodaļām.
Kad Ivata tika paaugstināts amatā, Nintendo joprojām bija rentabls uzņēmums. Tomēr viņiem neveicās tik labi kā citiem konsoļu ražotājiem. GameCube tika pārdota vāji salīdzinājumā ar konkurentiem, jo Sony PlayStation 2 un Microsoft Xbox to pārspēja. Viņa prezidentūra notika arī laikā, kad kļuva populāras tiešsaistes spēles. Nintendo nebija sācis spēlēt tiešsaistē. Viņš to darīja piesardzīgi, sakot: "Mēs neesam pret ideju spēlēt tiešsaistē. Mēs vienkārši esam praktiski." Viņš arī izveidoja attiecības starp Nintendo un Capcom, kas palīdzēja GameCube. Kādā intervijā 2002. gadā Ivata teica, ka, viņaprāt, spēļu industrija kļūst pārāk ekskluzīva. Viņš vēlējās radīt tādu aparatūru un spēles, ko gribētu spēlēt visi cilvēki, nevis koncentrēties uz labu grafiku.
Viens no pirmajiem darbiem, ko viņš kā prezidents veica, bija tieša tikšanās ar uzņēmuma 40 nodaļu vadītājiem un 150 citiem darbiniekiem. Tas ļoti atšķīrās no Jamauči (Yamauchi); Jamauči ar darbiniekiem tikās reti, un parasti viņš katru gadu uzstājās tikai ar vienu runu. Iwata zināja, ka tas, ka viņš ir prezidents, nenozīmē, ka visi viņam piekrīt. Viņš nolēma runāt ar viņiem personīgi. Ja darbinieki nepiekrita viņa viedoklim, Ivatā ieteica viņiem sekot savai idejai, nevis viņa idejai. Viņš teica: "Radītāji sevi pilnveido tikai tad, ja viņi uzņemas risku." Iwata arī vairāk datu un zinātnes ieviesa uzņēmuma biznesa daļā. Jamauči pieņēma lēmumus, izmantojot intuīciju un pieredzi, bet Ivatam bija idejas ar daudziem datiem, lai pārliecinātu cilvēkus. Iwata arī paaugstināja Miyamoto, Genyo Takeda, Yoshihiro Mori un Shinji Hatano par uzņēmuma direktoru padomes pārstāvjiem. Viņu amatiem bija tādas pašas pilnvaras kā viņam pašam.
Uzņēmuma revitalizācija (2003-2009)
Turpinot 2002. gada interviju, 2003. gada Tokijas spēļu izstādē Ivatā savā galvenajā runā teica, ka spēļu tirgū pastāv problēma. Šīs runas laikā viņš domāja par nozares vēsturi un to, ka interese par videospēlēm ir mazinājusies. Sākot ar 90. gadu beigām, Japānas tirgū bija mazāki pārdošanas apjomi. Tas turpinājās arī 2000. gadu sākumā. Konkurence starp Nintendo un Sony nozīmēja, ka konsoles vairāk koncentrējās uz jaudīgu aparatūru. Tomēr Nintendo 64 bija pārāk sarežģīta, lai izstrādātāji varētu radīt spēles. Tāpēc programmatūra nebija tik laba. Ivata lūdza veikt analīzi. Nintendo nolēma, ka koncentrēšanās uz aparatūru nav labākais veids, kā popularizēt videospēles. Viņi nolēma koncentrēties uz programmatūru. 2004. gadā Nintendo notika lielas pārmaiņas. Ivata apvienoja dažādas Yamauchi laikā izveidotās nodaļas. Viņš vēlējās, lai visā uzņēmumā notiktu kopīgs darbs. Vēlāk 2005. gadā viņš izveidoja "Lietotāju paplašināšanas projektu". Darbinieki, kas parasti nebija saistīti ar spēļu izstrādi, sniedza idejas jaunām spēlēm.
2004. gada marta intervijā Iwata teica: "Spēles ir nonākušas strupceļā." Viņš sacīja, ka izstrādātāji pārāk daudz laika velta, koncentrējoties uz galvenajiem spēlētājiem; viņš teica, ka viņi negūs peļņu, ja neradīs spēles parastiem spēļu spēlētājiem. Viņš arī vēlējās parādīt, ka Nintendo, "konservatīvais" uzņēmums, kļūs par lielu jaunu izklaides radītāju. Ivata izveidoja "zilā okeāna" stratēģiju, lai palīdzētu Nintendo konkurēt ar citiem konsoļu ražotājiem. Tā vietā, lai konkurētu ar tiem par jaudīgu aparatūru, Iwata nolēma radīt interesantu un izklaidējošu aparatūru un spēles.
Finanšu lejupslīde (2010-2014)
| Nintendo neto apgrozījums pa fiskālajiem gadiem (2006-15) |
| Fiskālais gads | | | | Pārdošanas apjoms (milj. ¥) |
| 2006 | | 508,827 |
| 2007 | | 966,534 |
| 2008 | | 1,672,423 |
| 2009 | | 1,838,622 |
| 2010 | | 1,182,177 |
| 2011 | | 1,014,345 |
| 2012 | | 647,652 |
| 2013 | | 635,422 |
| 2014 | | 571,726 |
| 2015 | | 549,780 |
| Nintendo gada neto apgrozījums miljonos jenuPiezīme : Zaļā krāsa norāda uz darbības ienākumiem, bet melnā - uz darbības zaudējumiem. |
Nintendo 3DS un Wii U nebija tik veiksmīgi kā DS un Wii. Sākot ar 2010. gadu, Nintendo finanšu stāvoklis pasliktinājās.