Pulkveža pakāpe
Kongresā Siklss bija apvienojies ar dienvidu demokrātiem un pats bija verdzību atbalstošs demokrāts. Taču pēc kara sākuma Siklss pēkšņi kļuva par propadomju piekritēju. Viņa pēdējā sesija Kongresā beidzās martā, tāpēc, sākoties karam, Siklss bija atgriezies Ņujorkā, kur nodarbojās ar advokāta praksi. Vēlākajās versijās par saviem motīviem pievienoties Savienības armijai viņš apgalvoja, ka, viņaprāt, vislabāk varētu kalpot Savienībai, izveidojot pulku. Republikāņu prezidentam Linkolnam bija nepieciešams demokrātu atbalsts, un viņš acīmredzot uzskatīja, ka Siklss ir tas, ko viņš varētu izmantot. Pēc pulka un pēc tam brigādes izveides, ko viņš nosauca par "Excelsior Brigade", Siklss pieņēma, ka viņam tiks piešķirta brigādes ģenerāļa pakāpe (pulkvedis komandēja pulku, bet brigādes ģenerālis komandēja brigādi). Taču oficiāli viņš palika pirmā pulka pulkvedis, lai gan komandēja visu brigādi. Ņujorkas gubernators Edvins D. Morgans nolēma, ka Ņujorkā ir pārāk daudz pulku, un lika Siklam dažus no tiem izformēt. Rezultātā Siklss nesaņēma brigādes ģenerāļa pakāpi. Apejot gubernatoru, Siklss devās uz Vašingtonu, lai tiktos ar Linkolnu. Prezidents piekrita ieskaitīt izformētos pulkus Amerikas Savienoto Valstu brīvprātīgo rindās. Visbeidzot 1861. gada 20. jūlijā viņi saņēma pavēli ierasties Harpers Ferry, Rietumvirdžīnijā. Septembrī Siklss tika nominēts brīvprātīgo brigādes ģenerāļa amatam, taču ASV Senāts vairākus mēnešus aizkavēja viņa apstiprināšanu. Sikla brigāde 1861. gada lielāko daļu pavadīja Merilendas lejasdaļā. Šajā laikā Siklss bieži apmeklēja Linkolnus Vašingtonā. 1862. gada martā viņa komandu pievienoja ģenerālim Džozefam Hukeram Potomakas armijā. Tajā pašā mēnesī Senāts noraidīja Sikla brigādes ģenerāļa pilnvaru piešķiršanu. Tajā mēnesī "Excelsiors" piedzīvoja savu pirmo kauju. Siklss personīgi vadīja izlūkošanu. Pēc tam 6. aprīlī viņš atstāja Excelsiors un devās uz Vašingtonu, lai protestētu pret to, ka viņam nav piešķirts brigādes ģenerāļa amats. Kamēr viņa vienība cīnījās Pussalas kampaņā, Siklss palika Vašingtonā. Linkolns viņu atkal izvirzīja ģenerāļa amatam, un 1862. gada 3. maijā Senāts viņu apstiprināja.
Brigādes ģenerālis
24. maijā "brigādes ģenerālim" Siklam tika pavēlēts ziņot Hukeram. Viņam tika uzticēta Hukera 2. brigādes komandēšana. Savu pirmo lielāko kauju Siklss piedzīvoja kaujā pie Seven Pines. Nākamo kauju Siklss piedzīvoja Septiņu dienu kaujās. Hūkera karaspēka virzīšanās uz priekšu nebija veiksmīga, daļēji tāpēc, ka Sikla brigādei bija grūtības pārvietoties cauri purviem, tad tā saskārās ar spēcīgu konfederātu pretestību. Kad daži no viņa vīriem izlauzās un aizbēga uz aizmuguri, Siklsam izdevās panākt, ka tikai daži no viņiem atgriezās. Tomēr Hukera ziņojumā tika atzīmēta Sikla drosmība, mēģinot saliedēt savus vīrus. Viņš ilgi neuzturējās un nokavēja otro Buļļu skrējiena kauju un Antietamas kauju, jo atradās Ņujorkā, lai savervētu vīrus savai brigādei. Kad Ambrose Burnside nomainīja Džordžu B. Maklelanu Potomakas armijas komandiera amatā, gan Hukers, gan Siklss tika pārcelti augstāk, lai komandētu lielākas vienības. Siklsam joprojām nebija gandrīz nekādas kaujas pieredzes, tomēr tagad viņš vadīja Hukera veco III korpusa otro divīziju. Siklss bija aizņemts ar to, ka Ņujorkas laikraksti un Vašingtonas iekšējie cilvēki popularizēja viņa kā kaujās rūdīta kaujas ģenerāļa tēlu.
1862. gada decembrī Frederiksburgas kaujā Sikla brigāde līdz pat trešajai dienai nepiedzīvoja kauju. Viņš un viņa karaspēks vēroja, kā Savienības karaspēks cīnās kalnā pret Lī konfederātiem. Pēc pulksten 14:00 Siklsam beidzot tika pavēlēts doties frontē. Vadot savus vīrus, viņi konstatēja, ka kauja viņu iecirknī lielākoties ir beigusies. Viņi nosargāja savas pozīcijas pret ierobežotu snaiperu uguni un dažiem sadursmju gadījumiem, bet citādi kaujas neredzēja.
Ģenerālmajors
Kad Bērnsaids tika nomainīts Potomakas armijas komandiera amatā, viņa vietā tika iecelts Hukers. Lai gan Siklsam bija maza kaujas pieredze, viņš tika iecelts par III korpusa pagaidu komandieri, un, lai gan viņam bija maza kaujas pieredze, viņam tika uzticēta III korpusa vadība. Taču Senāts atkal neapstiprināja viņa paaugstināšanu par ģenerālmajoru. Visbeidzot, 9. martā (viņa dienesta pakāpe tika piešķirta 29. novembrī) Senāts apstiprināja viņa paaugstināšanu amatā. Marta beigās Siklss oficiāli bija ģenerālmajors. Atšķirībā no iepriekšējām kaujām Čankelorsvilas kaujā Siklss piedalījās kaujā. Kad Siklss novēroja konfederātu ģenerāļa Stounvola Džeksona flanga manevru, viņš bez pavēles ar divām trešdaļām sava korpusa virzījās uz priekšu, lai dotos konfederātiem pakaļ. Tā rezultātā XI korpuss pa labi palika pilnīgi izolēts. Pēc tam Džeksona konfederāti veica graujošu uzbrukumu XI korpusam. Siklsa atkāpšanās no ieņemtās pozīcijas bija galvenais faktors konfederātu uzvarā. Tas aizsāka nesaskaņas starp Hukeru un Siklu, kas turpinājās līdz pat Getisburgas kaujām. Hukers vainoja Siklu par sakāvi pie Čankelorsvilas.
Gettysburg
27. jūnijā Hukers atkāpās no Potomakas armijas komandiera amata. No korpusa komandieriem, kurus ieteica viņa vietā, laikraksts "New York Herald" kā piemērotāko komandieri šim amatam ieteica Siklu. 28. jūnijā, trīs dienas pirms Getisburgas kaujas, Linkolns iecēla ģenerāli Džordžu G. Mīdu Hukera vietā. Pirmā diena 1. jūlijā beidzās ar konfederātu uzvaru. Mīds strādāja, lai ātri sagatavotu savus spēkus nākamās dienas kaujām. Agrā 2. jūlija rītā Mīds nosūtīja ziņu Siklam ar norādījumiem izvietot viņa 12 000 vīru korpusu uz Kapu kalna (Cemetery Ridge). Viņam tika īpaši pavēlēts savienoties ar ģenerāļa Vinfīlda Skota Henkoka (Winfield Scott Hancock) II korpusu viņa labajā pusē un paplašināt savu līniju līdz Little Round Top kreisajā pusē.
Siklss nebija sajūsmā ne par jauno komandieri, ne par viņa pavēlēm. Ap 11.00 viņš devās uz Mīda štābu un gaidīja, lai redzētu Mīdu. Taču komandieris tobrīd bija aizņemts. Jūtoties ignorēts, Siklss atgriezās pie saviem karavīriem. Viņš nolēma, ka viņam nepatīk viņa pavēles. Jūdzi uz priekšu no viņa atradās Emmitsburgas ceļš, kas bija augstākā vietā, nekā viņam bija uzdots ieņemt. Viņam nepatika arī tas, ka starp viņa līnijām bija akmeņi un koki. Siklss bez pavēles un neinformējot pārējo korpusu komandierus pārcēla savu korpusu uz priekšu par aptuveni vienu jūdzi. Tas atstāja Hankoka kreiso flangu pilnīgi atklātu un lielu pārrāvumu līnijā, kur bija paredzēts atrasties viņa korpusam. Jaunā pozīcija, ko viņš izvēlējās, bija plašāka nekā tā, kuru viņš atstāja, un viņam nebija pietiekami daudz vīru, lai to pilnībā nosegtu. Viņa līnijas vidus veidoja salientu (taisnu leņķi līnijā, kam varēja uzbrukt no diviem virzieniem). Brigādes ģenerālis Henrijs Hants, artilērijas virspavēlnieks, kopā ar Siklu apsekoja jauno pozīciju un norādīja uz problēmām. Viņš teica, ka viņam ir jāpārrunā ar Mīdu, lai noskaidrotu, vai viņa dotās pavēles Siklam varētu mainīt. Tomēr Siklss tik un tā veica pārcelšanos. Stundas laikā viss viņa III korpuss bija gandrīz iznīcināts, un to iznīcināja konfederātu ģenerāļa Džeimsa Longstrīta korpuss. Pašu Siklsu notrieca lielgabala lode, kas sadragāja viņam kāju. Viņu aiznesa no lauka, un dažas stundas vēlāk viņam tika amputēta labā kāja. Iespējams, ievainojums viņu pasargāja no kara tiesas par nepakļaušanos pavēlēm, taču viņa kā lauka komandiera dienas bija beigušās.