Valdīšanas sākums
Viljams izvēlējās tikt kronēts Ziemassvētkos. Daļēji tas bija tāpēc, ka viņš uzskatīja, ka šajā svētku dienā angļi mazāk rīkos nekārtības. Tā bija arī laba izvēle, jo viņš ticēja, ka tā ir Dieva griba, lai viņš kļūtu par karali. Kad Vilhelms bija kļuvis par karali, viņš Anglijā pavadīja dažus mēnešus. Pēc tam viņš atgriezās Normandijā, atstājot Angliju divu spējīgu vīru rokās. Tie bija viņa pusbrālis Odo, Bejē bīskaps, un Viljams Ficberns. Odo kļuva par Kentas grāfu, bet FitzOsberns - par Herefordas grāfu. Pārējie trīs angļu grāfi palika savā vietā. Kad Viljams atceļoja atpakaļ uz Normandiju, viņam līdzi bija daudzi viņa sekotāji. Daudzi no viņa karavīriem, kas bija samaksājuši, un citi, kurus viņš vēlējās paturēt savā redzeslokā. Jo īpaši tie bija angļu arhibīskaps Stigands un Edgars Ateliņš. Viņš atveda arī savus atlikušos trīs angļu grāfus - Edvīnu, Morkaru un Valtēofu. Tas bija tādēļ, lai neviens no viņiem nevarētu sākt sacelšanos viņa prombūtnes laikā. Vilhelmam bija jārūpējas par saviem pienākumiem mājās. Arī daudziem viņa karavīriem bija jāatgriežas, lai hercogiste būtu drošībā.
Kad Vilhelms 1067. gada decembrī atgriezās Londonā, viņš sāka noskaidrot, kādas problēmas bija radušās viņa prombūtnes laikā. Hertfordšīru bija pārņēmuši merķieši. Ekseterā nepieņēma jaunā karaļa valdīšanu. Viljams savāca naudu no visām Anglijas daļām, kas bija gatavas maksāt. Viņš aicināja arī angļu nodevas. Eksetera padevās pēc tam, kad viens no ķīlniekiem tika apžilbināts. Pēc tam, kad viņš pakļāva Devonu un Kornvollu, viss šķita mierīgi. Vinčesterā Vilhelms nosūtīja pēc savas sievas Matildas, kura tur Vasarsvētkos tika kronēta par Anglijas karalieni.
Līdz vasarai bija izcēlušās vēl vairākas sacelšanās. Tajā pašā laikā no Anglijas bēga arī citi. Edgars Atelings kopā ar māti un māsām devās uz Skotiju, kur viņus laipni uzņēma. Ziemeļos ap Jorku pulcējās spēcīgi pret normēņiem noskaņoti grupējumi. Grāfs Edvīns un viņa brālis Morkars pameta Vilhelma galmu, lai pievienotos nemierniekiem ziemeļos. Viljams uzcēla pili Vorvikā. Tas lika grāfiem un citiem piekāpties Vilhelmam. Tam sekoja citas pilis. Pēc tam Viljams ieradās Jorkā, kur pie viņa ieradās citi un padevās. Pēc tam viņš risināja sarunas ar Skotijas karali, lai novērstu iebrukumus Anglijā no ziemeļiem. Taču viņa kampaņa ziemeļos nebija tik efektīva, kā viņš domāja. Otrā sacelšanās 1069. gadā pārauga karā. Vilhelma vadībā atstātie vīri tika nogalināti. Nelieli normāņu spēki turējās Jorkā, kad Viljamss ieradās viņiem palīgā. Pēc vēl vienas pils uzcelšanas Viljams atstāja grāfu Viljamu Ficobērnu (William FitzOsbern) par tās vadītāju. Nākamos piecus mēnešus ziemeļos valdīja klusums. Taču ziemeļu Anglijas vadoņi bija nosūtījuši ziņu Dānijas karalim Svinam, piedāvājot viņam kroni, ja viņš spēs sakaut normāņus. Svins uz Angliju nosūtīja dāņu floti.
1069. gada vasarā pie Kentas krastiem parādījās dāņu flote. Tā virzījās augšup pa piekrasti uz ziemeļiem, veicot uzbrukumus. Vilhelms un viņa armija atradās dienvidos, sargājot no jebkādiem iebrukumiem. Visbeidzot flote pievienojās angļu nemierniekiem Humberas upes krastos. Visi atlikušie angļu grāfi pameta Viljamu un pievienojās apvienotajiem angļu un dāņu spēkiem. Tie devās pret normāņu garnizonu Jorkā un nogalināja visus, izņemot dažas sievietes un bērnus. Viljams Malets, normandietis, kurš Anglijā bija dzīvojis pirms 1066. gada, arī tika pasargāts.
Ziemeļu Harings
Vilhelma ziemeļu armija tika iznīcināta, un Jorka bija drupās. Tajā pašā laikā Velsā un Anglijas dienvidrietumos izcēlās mazākas sacelšanās. Viljams zināja, ka ir nonācis nepatikšanās. Viņš sāka sasaukt visus savus komandierus un karaspēku, lai apvienotu spēkus. Karalis zināja, ka ar mazāku armiju viņam jātiek galā ar vienu nemiernieku grupu vienlaikus. Viņš nosūtīja Viljamu Ficobērnu un Braienu no Bretaņas tikt galā ar Ekseteru. Viljams pats cīnījās ar armiju, kas virzījās no austrumiem. Abos gadījumos normāņu armijas guva uzvaru. Tagad viņš pārgāja uz ziemeļu armijām, kas bija iznīcinājušas Jorku. Taču viņam neizdevās nokļūt tālāk uz ziemeļiem par Pontefrakt. Pēc vairāku nedēļu ilgiem mēģinājumiem Viljams piekukuļoja dāņu floti, lai tā uz ziemu atkāpjas no Jorkas. Viņi piekrita un atgriezās Humberas grīvā, lai tur pārziemotu. Tagad Vilhelms varēja doties uz Jorku. Viņš atjaunoja tur esošās pilis. Pēc tam viņš lika saviem spēkiem izkliedēt un iznīcināt visu, kas angļu un dāņu armijai bija noderīgs, lai tā varētu sevi pabarot. Tā rezultātā plaši izplatījās bads, un iedzīvotāji vai nu pameta apgabalu, vai nomira badā. Tā bija Vilhelma bēdīgi slavenā ziemeļu apspiešana. Tā visa rezultātā Vilhelms panāca, ka kapitulēja viņa angļu grāfi un lielākā daļa dumpinieku Anglijā. Dažās atlikušās grupas Viljama armija ātri sagrāva. Taču viena grupa izrādījās spītīgāka. Tā atradās pie Česteras, un pēc piespiedu gājiena ziemas laikā Viljams viņus pārsteidza, pirms tie bija gatavi. Pēc viņu kapitulācijas viņš tur uzcēla vēl divas pilis un tad atgriezās Vinčesterā.
Anglijas un Normandijas valdīšana
Vilhelmam vairs nekad nevajadzēja izpostīt kādu grāfisti tā, kā tas notika Jorkšīrā. Viņš bija ticis galā ar galvenajiem draudiem savai valdīšanai, taču daži no tiem bija atrisināti tikai daļēji. Dānijas flote atgriezās 1070. gadā, šoreiz karaļa Svena vadībā. Viņi pievienojās nelielai dumpinieku grupai Elijas salā, ko vadīja Hēravards Brīdinieks. Vilhelms atkal atpirka dāņus, lai tie aizietu, un tad izrēķinājās ar dumpiniekiem. Par Herevardu nekad vairs netika dzirdēts.
Vilhelmam tagad bija jāpārvalda gan Anglija, gan Normandija. Viņš saprata, ka viņam ir jābūt klāt, lai visu kontrolētu. Kad viņš atradās Normandijā, Anglijā bieži izcēlās nepatikšanas. Taču, kad Vilhelms atradās Anglijā, Normandiju pārvaldīja viņa sieva Matilda. Taču jaunais Anžū grāfs Fulks Rečins bija atņēmis Mainu no Vilhelma kontroles. Vilhelmam 1073. gadā tā bija jāatgūst atpakaļ.
1082. gadā Vilhelms arestēja savu pusbrāli Odo, Bejē bīskapu un Kentas grāfu. Iemesli nav zināmi, taču Odo mēģināja savākt armiju, lai dotos karagājienā uz Romu. Viņa plāns bija kļūt par nākamo pāvestu. Viljams viņu tiesāja Vaita salā. Papildus citiem noziegumiem bija arī mēģinājums izveidot armiju Viljama karavīru vidū. Viljams norādīja, ka viņi bija vajadzīgi Anglijas aizsardzībai. Odo protestēja, ka pat karalis nevar viņu tiesāt. Kā bīskapu to varēja darīt tikai pāvests. Viljams atbildēja, ka viņš neaiztur bīskapu, bet gan savu grāfu, kuru viņš atstāja vadībā savas prombūtnes laikā. Odo tika ieslodzīts cietumā Normandijā līdz mūža galam.
1083. gadā karaliene Matilda nomira un tika apglabāta Kānā. Abi bija ļoti tuvi un nesaskaņas radās tikai par dēlu Robertu Kurtozi. Roberts vairākkārt bija sacēlies pret savu tēvu, tomēr turpināja uzturēt kontaktus ar māti. Tas izraisīja šķelšanos viņu starpā. Francijas Filips I uzskatīja, ka viņa vasalim ir grūti kļūt par tādu pašu karali kā viņam pašam, un tāpēc bija aizvainots uz Vilhelmu. Kad Roberts Kurtozs sacēlās pret savu tēvu, nebija pietiekami spēcīgs, lai cīnītos pret Vilhelmu, bet karalis Filips viņam palīdzēja.
1085. gada vasarā Vilhelms uzzināja, ka Dānijas dižkunigaitis Kanuts IV gatavo floti kuģošanai pret Angliju. Rudenī Vilhelms atgriezās Anglijā ar daudziem karavīriem. Viņam nācās viņiem samaksāt un pabarot, un tas prasīja lielas izmaksas. Iespējams, ka šajā laikā viņš saprata, ka viņam kā karalim nav uzskaites par to, kas viņam pienākas. Viņš nezināja, vai iekasē visus pienākošos nodokļus.
Domesday Book
1085. gadā Vilhelms savā Ziemassvētku tiesā Glosterā lūdza veikt lielu apsekošanu visās Anglijas daļās. Karalis vēlējās uzzināt, cik daudz cilvēku dzīvo viņa [karalistē|[valstībā]]. Viņš vēlējās zināt, cik liels ir katrs īpašums, cik katrs no tiem ir vērts un cik lielu ienākumu tas nes. Līdz šim Anglijā šāda aptauja vēl nekad nebija veikta. Tā bija unikāla ar savām detaļām un ieguldījumu Anglijas vēsturē. Domesday Book bija pirmais publiskais reģistrs Anglijā.
Grāmatas teksts ietilpst divos sējumos. Pirmais aptvēra trīsdesmit vienu apgabalu. Tās apjoma dēļ to sauca par "Lielo Domesday". Otrais sējums aptvēra Eseksas, Norfolkas un Sufolkas grāfistes, un to sauca par "Mazo Domesday". Faktus fiksēja vairākas komisijas, kuras veidoja bīskapi un grāfi. Katrā panelī tika apkopota informācija par vairākām grāfistēm. Viljamsam 1086. gada 1. augustā tika iesniegts liels rakstisku datu krājums. Tā kļuva par Domesday Book, lai gan grāmatas netiks iesietas grāmatās vēl gandrīz gadsimtu.
Pēdējie gadi
Viljams nomira, atrodoties Ruānā, Francijā, no ievainojumiem, ko guva, nokrītot no viņam piederoša zirga.